Von den ersten mittelalterlichen Erwähnungen bis zur Gegenwart trägt Nogent-sur-Vernisson Jahrhunderte der Wald- und Landgeschichte in sich.
Nogent-sur-Vernisson wird erstmals im 11. Jahrhundert erwähnt. Der Name „Nogent" stammt vom lateinischen Novientum, das einen Landwirtschaftsbetrieb bezeichnete. Die Vernisson, ein kleiner Nebenfluss des Loing, verleiht der Gemeinde ihre geografische Identität.
Im Mittelalter entwickelte sich das Dorf um seinen Burgwall und seine Kirche. Die Nähe zum königlichen Wald von Orléans machte es zu einem strategischen Ort für Jagd und Forstwirtschaft der französischen Könige.